自分用のDLLを作成して、コメント生成をカスタマイズしました。
ICommentProviderを実装していけばよいです。
PropertyGridで設定できるようにしておけば、
IDEからのカスタマイズが可能です。
EnvDTEやVCCodeModelのドキュメントが少なかったり、
無いに等しいドキュメントだったりなのが辛いです。
namespace MyDoxyComment
{
   [CommentProviderFriendlyName("My Provider")]
   public class MyProvider : ICommentProvider
   {
        //VisualStudioのオプションで設定できるメンバ
        //PropertyGridが使用される
  private int _property1;
        public int Property1
        {
              get;
              set;
         }
         public string[] CreateFunctionComment(
    Microsoft.VisualStudio.VCCodeModel.VCCodeFunction codeElem)
        {
             return new string[]{"hoge"};
        }
   }
}